魚類為了適應(yīng)復(fù)雜多變的生存環(huán)境，進(jìn)化出多樣化的攝食習(xí)性。在長(zhǎng)期進(jìn)化過程中，魚類的食性依據(jù)攝食偏好，逐漸分化為肉食性、草食性和雜食性等。最近的研究揭示了嗅覺和味覺器官在魚類攝食偏好中的作用。但人們對(duì)魚類攝食偏好及其相應(yīng)代謝策略的遺傳基礎(chǔ)、生理響應(yīng)等仍知之甚少。因此，揭示魚類攝食偏好的遺傳基礎(chǔ)及其適應(yīng)性代謝策略將為解析魚類攝食習(xí)性和代謝的進(jìn)化提供重要基礎(chǔ)。

長(zhǎng)吻鮠（Leiocassis longirostris Günther）是分布于長(zhǎng)江水系為主的高價(jià)值經(jīng)濟(jì)魚類，整個(gè)生活史階段都是典型的肉食性魚類，其代謝特征是蛋白需求高、糖利用能力低。草魚在仔魚階段是肉食性，到幼魚階段逐漸轉(zhuǎn)變?yōu)椴菔承?，是研究魚類從肉食性向草食性的食性轉(zhuǎn)變機(jī)制的理想模型。中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所魚類生理生態(tài)學(xué)研究團(tuán)隊(duì)前期發(fā)現(xiàn)，草魚和長(zhǎng)吻鮠在營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)代謝中差異顯著，草食性草魚相較于肉食性長(zhǎng)吻鮠，在消化、吸收、轉(zhuǎn)運(yùn)等代謝過程中展現(xiàn)出更強(qiáng)的糖利用能力，如草魚淀粉酶活力是長(zhǎng)吻鮠淀粉酶活力的20~80倍（Su et al. 2020;Su et al. 2021）。但是魚類攝食偏好和代謝特征的關(guān)聯(lián)機(jī)制及其遺傳基礎(chǔ)仍不明確。

基于此，研究團(tuán)隊(duì)采用第三代Nanopore測(cè)序技術(shù)結(jié)合Hi-C輔助組裝技術(shù)，成功完成了長(zhǎng)吻鮠的全基因組測(cè)序。對(duì)長(zhǎng)吻鮠和草魚進(jìn)行比較基因組學(xué)分析后，通過正選擇和快速進(jìn)化的聯(lián)合分析鑒定出包括味覺受體1型成員3（tas1r3）、胰蛋白酶（trypsin）等250個(gè)基因。相對(duì)于草魚，長(zhǎng)吻鮠的收縮、擴(kuò)張、正選擇和快速進(jìn)化基因分析結(jié)果表明，肉食性長(zhǎng)吻鮠表現(xiàn)出顯著的攝食偏好（tas1r3-calhm-cck信號(hào)）和相應(yīng)的蛋白代謝特征（trypsin-lap3-cars2信號(hào)），草食性草魚則以糖代謝途徑（slc2a9-ppp1r3g-chrebp信號(hào)）為主。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，tas1r3基因在肉食性魚類對(duì)食物的選擇中起到關(guān)鍵作用。分別在tas1r3基因缺失的斑馬魚、肉食性向草食性轉(zhuǎn)換的草魚模型中，證實(shí)了tas1r3基因?qū)θ馐承贼~類攝食偏好的必要性。在此基礎(chǔ)上，對(duì)肉食性長(zhǎng)吻鮠和大口黑鱸、草食性草魚和團(tuán)頭魴分析結(jié)果表明，胰蛋白酶活性及營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)代謝特征譜的顯著變化伴隨著魚類攝食食性的改變，進(jìn)一步證實(shí)了魚類攝食選擇與相應(yīng)代謝策略的密切關(guān)聯(lián)。

長(zhǎng)吻鮠和草魚的比較基因組分析：攝食偏好與相應(yīng)代謝途徑

研究揭示了魚類攝食偏好與代謝策略之間的保守適應(yīng)性，為理解魚類攝食習(xí)性和代謝的進(jìn)化提供了重要支撐，也為魚類食性轉(zhuǎn)換的營(yíng)養(yǎng)學(xué)、遺傳學(xué)操作提供了重要基礎(chǔ)。

該研究成果以“The Chinese longsnout catfish genome provides novel insights into the feeding preference and corresponding metabolic strategy of carnivores”為題發(fā)表于Genome Research（2024,34: 981-996）。水生所劉雨龍博士、翟剛副研究員、宿敬志博士為論文共同第一作者，水生所韓冬研究員、解綬啟研究員為共同通訊作者。該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃課題（2023YFD2400605,2022YFD2400900）等的資助。

論文鏈接：https://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.278476.123