蝙蝠和嚙齒動(dòng)物等疫源野生動(dòng)物在人畜共患病原體的傳播中扮演著重要角色。某些非洲國(guó)家和地區(qū)是野生動(dòng)物源新發(fā)傳染病發(fā)生的熱點(diǎn)區(qū)域，然而當(dāng)?shù)毓残l(wèi)生基礎(chǔ)設(shè)施相對(duì)薄弱，導(dǎo)致這些地區(qū)的傳染病監(jiān)測(cè)和防控面臨挑戰(zhàn)。調(diào)查這些地區(qū)的病毒在野生動(dòng)物種群中的分布、進(jìn)化和傳播方式是預(yù)警預(yù)防未來(lái)潛在流行病威脅的關(guān)鍵步驟。

中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗研究員團(tuán)隊(duì)與深圳華大生命科學(xué)研究院、昆士蘭大學(xué)和肯尼亞國(guó)家博物館等單位合作，對(duì)在東非國(guó)家肯尼亞和烏干達(dá)采集的近1300份蝙蝠和嚙齒動(dòng)物樣本進(jìn)行了病毒組調(diào)查研究。基于華大智造T系列測(cè)序平臺(tái)，研究團(tuán)隊(duì)通過宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示了這些野生動(dòng)物中的病毒多樣性，重組和跨地域傳播特征。相關(guān)研究成果于近日在國(guó)際期刊Microbiome（《微生物組》）發(fā)表。

本研究使用的動(dòng)物樣本種類與分布

研究團(tuán)隊(duì)共鑒定出251種蝙蝠或嚙齒動(dòng)物攜帶的RNA和DNA病毒，其中87%為新病毒，揭示了東非地區(qū)野生動(dòng)物高度的病毒多樣性和獨(dú)特性。值得關(guān)注的是，在埃及果蝠中發(fā)現(xiàn)了與人類II型副流感病毒和人類軟疣病毒相近緣的病毒，這些發(fā)現(xiàn)不僅對(duì)于理解這些病毒的起源有重要意義，也為研究它們的傳播機(jī)制提供了關(guān)鍵線索。

東非蝙蝠和嚙齒動(dòng)物病毒多樣性

此外，該研究顯示冠狀病毒和圓環(huán)病毒在與細(xì)胞入侵相關(guān)的蛋白上有著高度的多樣性和頻繁的重組。進(jìn)一步分析揭示了病毒群落中頻繁發(fā)生重復(fù)突變、不同病毒型別的共感染以及地域間的病毒流動(dòng)，這些因素共同促進(jìn)了多樣化的自然病毒群落，為理解病毒如何在不同生態(tài)系統(tǒng)中傳播提供了重要信息。

東非哺乳動(dòng)物病毒與動(dòng)物宿主間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系

該研究成果為揭示東非地區(qū)蝙蝠、嚙齒類等重點(diǎn)疫源野生動(dòng)物宿主的病毒譜提供了全面的基因組和生態(tài)數(shù)據(jù)資源，也為全球病毒多樣性研究領(lǐng)域提供了新的數(shù)據(jù)和視角。

該研究受到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃，廣東省高通量基因組測(cè)序與合成編輯應(yīng)用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目，國(guó)家科技重大專項(xiàng)、中國(guó)科學(xué)院中-非聯(lián)合研究中心項(xiàng)目以及中國(guó)科學(xué)院國(guó)際伙伴計(jì)劃項(xiàng)目的經(jīng)費(fèi)支持。華大生命科學(xué)研究院王達(dá)希副研究員、中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所楊興婁研究員、華大生命科學(xué)研究院任梓睿、中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所胡犇青年研究員，華大生命科學(xué)研究院趙海龍博士為本文共同第一作者。中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗研究員，華大生命科學(xué)研究院李俊樺研究員，昆士蘭大學(xué)Sheila Ommeh教授，肯尼亞國(guó)家博物館Bernard Agwanda研究員以及華大生命科學(xué)研究院肖敏鳳副研究員為本文共同通訊作者。