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科研進(jìn)展

水生所和華中科技大學(xué)團(tuán)隊合作解析青藏高原水生微生物基因組和基因目錄

發(fā)表日期:2024-02-21熊杰來源:水生生物研究所放大 縮小

  青藏高原,中國最大、世界海拔最高的高原,素有“世界屋脊”、“第三極”之稱。其獨特的地形特征使青藏高原成為眾多河流的主要源頭,并作為“水塔”滋養(yǎng)著周邊地區(qū)近20億人。青藏高原的水生態(tài)系統(tǒng)類型多樣,包括濕地、湖泊、河流、溫泉和冰川等,孕育著豐富多樣的水生微生物。這些微生物可能在青藏高原極端的環(huán)境條件下,如劇烈的溫度波動、低氧濃度、低壓和強(qiáng)烈的紫外線輻射中,展現(xiàn)出獨特的種類組成和代謝模式,使得青藏高原可能蘊藏著一個獨特的微生物資源庫。 

羊卓雍措(羅帥拍攝于環(huán)境DNA樣品采集期間)

  近日,中國科學(xué)院水生生物研究所繆煒研究員與華中科技大學(xué)寧康教授團(tuán)隊合作解析了青藏高原水生微生物基因組和基因目錄。研究搜集了來自青藏高原濕地、淡水湖、鹽水湖、河流、溫泉和冰川的498個水體環(huán)境DNA樣本并進(jìn)行了宏基因組測序,初步建立了一個青藏高原水生微生物基因組和基因目錄(Tibetan Plateau Microbial Catalog, TPMC)。TPMC目前包含了3萬多個中高質(zhì)量的原核微生物(細(xì)菌和古菌)宏基因組組裝的基因組(Metagenome-assembled genomes, MAGs),聚類為1萬多個物種,其中88%為未注釋物種。除此之外,TPMC包含近3億個非冗余基因,其中15%為新基因;7萬多個生物合成基因簇,50%為新基因簇。這一結(jié)果表明青藏高原是全球微生物物種和遺傳多樣性的寶庫。 

  利用這些數(shù)據(jù),研究團(tuán)隊分析了青藏高原水生微生物群落在橫跨2500公里的距離和超過5公里的海拔范圍的中國三級階梯地形上的生物地理學(xué),發(fā)現(xiàn)與青藏高原微生物組的微生物組成相似性和共有基因數(shù)量隨著距離和海拔的差異增大而下降。這一微生物的傳播模式提示青藏高原可能不僅扮演著“水塔”的角色,還具有“微生物塔”的作用。總體來說,TPMC是高海拔水生微生物資源的重要資源庫,蘊藏著發(fā)現(xiàn)新的微生物譜系和功能的巨大潛力,拓展了對全球微生物物種、遺傳和功能多樣性的認(rèn)識。 

  相關(guān)工作以“A genome and gene catalog of the aquatic microbiomes of the Tibetan Plateau”為題發(fā)表于Nature Communications雜志。 

青藏高原水生微生物基因組和基因目錄 (Tibetan Plateau Microbial Catalog, TPMC)

  華中科技大學(xué)寧康教授、水生所繆煒和熊杰研究員為該論文的共同通訊作者,華中科技大學(xué)研究生程銘悅、水生所研究生羅帥和張鵬為本論文的共同第一作者。本研究是萬種原生生物基因組計劃(P10K)的進(jìn)展之一,此次原核微生物基因組目錄的建立為后續(xù)分析并獲得青藏高原水生態(tài)系統(tǒng)中原生生物(真核微生物)基因組奠定了重要的基礎(chǔ)。相關(guān)原核微生物基因組目錄已發(fā)布于國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心(https://ngdc.cncb.ac.cn/tpmc)。該研究得到了青藏高原第二次科學(xué)考察與研究計劃、國家自然科學(xué)基金項目、國家重點研究發(fā)展計劃項目以及國家科技基礎(chǔ)資源調(diào)查專項的資助,以及中國科學(xué)院超級計算武漢分中心和合肥先進(jìn)計算中心的支持。研究中所使用的部分環(huán)境理化數(shù)據(jù)得益于水生所化學(xué)生態(tài)學(xué)學(xué)科組、水環(huán)境納米技術(shù)學(xué)科組、水工程藻類生態(tài)學(xué)學(xué)科組、環(huán)境生物化學(xué)與微生物學(xué)學(xué)科組的分享和支持。  

  原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-024-45895-8 

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